A través de Ciencia en la Ciudad se crea en cada una de las ciudades escogidas una unidad local de cultura científica, integrada por un agente local encargado de la transmisión de la cultura científica y de la coordinación local a través de diversas actividades de divulgación.

Los municipios contarán con el respaldo y la implicación de las entidades locales presentes en su zona: diputaciones provinciales, ayuntamientos, centros docentes, centros asociados de la Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED), sedes de la Universidad Internacional Menéndez Pelayo (UIMP), centros del CSIC y de otros organismos públicos de investigación, y de todas aquellas asociaciones y entidades privadas que puedan contribuir a la organización y coordinación de las actividades.

Más allá de la experiencia piloto, el objetivo de Ciencia en la Ciudad es impulsar la creación de estructuras permanentes de divulgación y difusión de la cultura científica en cada ciudad de tal modo que, coordinadas entre sí, conformen una red nacional de agentes locales de cultura científica.